La Fédération de Pêche du Rhône réalise et peut mener sur demande des pêches électriques :
- de sauvetage, avant travaux sur les cours d'eau du département.
- d'inventaire, dans le cadre d'études scientifiques, pour les contrats de rivière, etc.
A titre d'exemple, la fédération réalise des pêches électriques par ambiance en bateau depuis 2001 sur la Saône, pour le compte du Grand Lyon.

La Fédération participe au suivi des bras morts et lônes de la Saône notamment. Ces zones agissent sur la qualité de l'eau, fournissent aux poissons des zones de reproduction et de grossissement qui favorisent alevins et juvéniles, mais constituent également des zones de refuge lors des crues. Cependant, suite à la domestication des cours d'eau, ces milieux privilégiés disparaissent. Il est donc essentiel de suivre leur évolution et de préserver ou restaurer leur fonctionnalité.
Exemple sur le site de Fareins, restauré en 2001

La Fédération est engagée dans le suivi des populations d'écrevisse à pieds blancs, Austropotamobius pallipes. Cette espèce vulnérable en forte régression est sensible à toute les catégories de pollution : elle constitue un excellent indicateur de qualité d'eau.

Elle participe à la gestion et l'aménagement des plans d'eau du département : Parc de la Tête d'or, Lac des Sapins, Miribel-Jonage, Bordelan…